มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เสนอขออนุมัติหลักสูตร "สถาปัตยกรรมศาสตรบัณฑิต" เพิ่มเติมไว้ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ฉบับที่ 7 (2535 - 2539) ดังปรากฏตามบันทึกข้อความ ที่ ทม .1901/ กท .390 ลงวันที่ 7 ธันวาคม 2538 สำนักนโยบายและแผนอุดมศึกษาได้พิจารณาเห็นสมควรให้ความเห็นชอบ โดยระยะเริ่มต้นการสอนสาขาวิชานี้ จะอยู่ในความดูแลของ ภาควิชาวิศวกรรมโยธา คณะวิศวกรรมศาสตร์ และหลักสูตรดังกล่าวทางสภามหาวิทยาลัยได้รับทราบ และให้ความเห็นชอบหลักสูตรนี้แล้ว เมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ พ . ศ .2539

สาขาวิชาสถาปัตยกรรมได้รับการยกฐานะเป็น"คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์" ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2544 ประกอบด้วยหน่วยงานหลัก 3 หน่วยงาน คือ สำนักงานเลขานุการคณะ ภาควิชาสถาปัตยกรรม ศูนย์บริการวิชาชีพสถาปัตยกรรม และเนื่องจากมหาวิทยาลัยนเรศวรได้มีมติอนุมัติให้โอนย้ายสาขาวิชาการออกแบบบรรจุภัณฑ์ จากคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์(ในสมัยนั้น) มาสังกัดอยู่กับคณะสถาปัตยกรรมศาสตร์ ในวันที่ 1 ตุลาคม 2546 ทางคณะสถาปัตยกรรมศาสตร์ จึงได้ปรับเปลี่ยนหน่วยงานภายในคณะฯ โดยเพิ่มหน่วยงานขึ้นอีก 1 หน่วยงาน คือภาควิชาศิลปะและการออกแบบ และได้เปลี่ยนชื่อคณะเป็น "คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์ ศิลปะและการออกแบบ"